Cresciuto nelle giovanili prima della Canottieri Milano e poi del Monkeys, sponsorizzato Banco Ambrosiano, passa in età juniores all’Auxilium Torino, nelle cui file debutterà in A1 nel 1982 e si fermerà fino alla stagione 1989-90. Nella squadra torinese, pur non vincendo nulla, si mette in mostra grazie alle sue ottime qualità tecniche ed atletiche, che gli consentono di essere efficace sia vicino che lontano da canestro.
Ottimo contropiedista e tiratore dalla media distanza, dotato di grande carisma (che lo porta presto a diventare capitano dell’Auxilium e beniamino della tifoseria), disputa delle ottime stagioni con la squadra torinese, che gli consentono di essere più volte convocato in Nazionale. Dopo l’esperienza torinese, Morandotti ha giocato per un anno a Verona e poi per 8 stagioni nella Virtus Bologna, per poi terminare la carriera professionistica nel 1999 con una breve parentesi in A2 a Roseto.
Successivamente scende di sette categorie giocando nel campionato di Promozione con il Cavour EmilCargo[1], quindi passa in B1 indossando le canotte prima di Ozzano[2] e poi di Trapani. Nel 2001 gioca in C1 a Castel Guelfo, rimanendovi fino al 2005. Nel 2011 approda al San Crispino Basket nel campionato di Promozione delle Marche.
